BİYOİNFORMATİK
- Ders
- BIOE305 - BİYOİNFORMATİK
- Bölüm
- Biyomühendislik - İngilizce - Lisans
- Ders Tipi
- Ders
- Durum
- Zorunlu
- Dil
- İngilizce
- Kredi
- 3
- AKTS
- 5
- T+P+L
- 3 + 0 + 0
- Ders Koordinatörleri
- Yrd. Doç. Dr. Nurten AŞİNA AMCA
- Ön Koşul
- Anahtar Sözcükler
Ders Açıklaması
Bu ders öğrencilere biyoinformatik konseptlerini, prensiplerini ve tekniklerini tanıtacaktır. Genom ve protein bilgi arşivlerine nasıl erişileceğini, bu arşivlerle birlikte çalışmak için geliştirilmiş araçları ve bu bilgi ve araçların hangi sorulara cevap verebileceği ele alınacaktır. Ders süresince insan genom projesi ve tarihsel gelişimi, biyoinformatiğin tıptaki önemi ve rolü, yaşamın spatial ve temporal özellikleri, merkezi ve periferal dogmalar, bilgi arşivi özellikleri ve çeşitleri, World wide web, elektronik yayınlar, bilgisayar ve bilgisayar bilimi, bilgisayar programlama, biyolojik sınıflandırma ve nomenklatür, filogenetik ilişki araştırılmasında kullanılan teknikler ve araçlar, protein yapısı, protein yapı tahmini ve belirlenmesi yöntemleri, kliniksel implikasyonlar ve 3D protein yapı görüntüleme araçları ele alınacaktır.
BİYOİNFORMATİK
Değerlendirme Araçları (Aktif Dönem)
| Öğe | Tür | Ağırlık (%) |
|---|---|---|
| Midterm | Ara Sınav | 35 |
| Final | Final | 45 |
| Assignment | Ödev | 20 |
| Toplam | 100 | |
Ders çıktıları
- 01 Identify the biological classification and nomenclature.
- 02 Describe protein structure .
- 03 Explain the observables and data archives
- 04 Explain database requirements
- 05 List the clinical implications.
- 06 Explain how cells read the genome from DNA to protein.
- 07 Summarize World Wide Web
- 08 Summarize use of sequences to determine phylogenetic relationships .
- 09 Elaborate on computers and computer science
- 10 Elaborate on importance of bioinformatics.
Ders Müfredatı
| Hafta | Konu |
|---|---|
| Hafta 1 | Introduction to course organisation. |
| Hafta 2 | Observables and data archives |
| Hafta 3 | Observables and data archives |
| Hafta 4 | The World Wide Web |
| Hafta 5 | The World Wide Web |
| Hafta 6 | Computers and computer science |
| Hafta 7 | Review |
| Hafta 8 | MID-TERM EXAMINATIONS |
| Hafta 9 | Computers and computer science |
| Hafta 10 | Biological classification and nomenclature. Use of sequences to determine phylogenetic relationships |
| Hafta 11 | Use of sequences to determine phylogenetic relationships |
| Hafta 12 | Introduction to protein structure |
| Hafta 13 | Protein structure prediction and engineering, Clinical implications, Genomics and proteomics |
| Hafta 14 | Review |
| Hafta 15 | Final Exams. |
Referans Kitaplar & Ders Materyalleri
- 01 Arthur Lesk. Introduction to Bioinformatics. Oxford University Publications, 2014.
Ders Çıktıları
- L01 Biyoinformatiği tanımlamak ve açıklamak. SOLO 2.5
- L02 Biyoinformatikte kullanılan veri tabanlarını ve araçları listelemek. SOLO 3
- L03 Bilginin çalışma alanına nasıl uygulanacağını pratik olarak çözmek ve yorumlamak. SOLO 3.33
- L04 Bilgiyi uygulamak ve alandaki problemlerin nasıl çözüleceğini sorgulamak. SOLO 5
Program Çıktıları
- P01 Matematik, fen bilimleri, temel mühendislik, bilgisayarla hesaplama ve ilgili mühendislik disiplinine özgü konularda bilgi.
- P02 Matematik, fen bilimleri, temel mühendislik, bilgisayarla hesaplama ve ilgili mühendislik disiplinine özgü konularda ki bilgileri, karmaşık mühendislik problemlerinin çözümünde kullanabilme becerisi.
- P03 Karmaşık mühendislik problemlerini, temel bilim, matematik ve mühendislik bilgilerini kullanarak ve ele alınan problemle ilgili BM Sürdürülebilir Kalkınma amaçlarını gözeterek tanımlama becerisi.
- P04 Karmaşık mühendislik problemlerini, temel bilim, matematik ve mühendislik bilgilerini kullanarak ve ele alınan problemle ilgili BM Sürdürülebilir Kalkınma amaçlarını gözeterek formüle etme becerisi.
- P05 Karmaşık mühendislik problemlerini, temel bilim, matematik ve mühendislik bilgilerini kullanarak ve ele alınan problemle ilgili BM Sürdürülebilir Kalkınma amaçlarını gözeterek analiz etme ve çözme becerisi.
- P06 Karmaşık mühendislik problemlerine yaratıcı çözümler tasarlama becerisi.
- P07 Karmaşık sistemleri, süreçleri, cihazları veya ürünleri gerçekçi kısıtları ve koşulları gözeterek, mevcut ve gelecekteki gereksinimleri karşılayacak biçimde tasarlama becerisi.
- P08 Karmaşık mühendislik problemlerinin analizi ve çözümüne yönelik, tahmin ve modelleme de dahil olmak üzere, uygun teknikler ve kaynakları sınırlamalarının da farkında olarak seçme ve kullanma becerisi.
- P09 Karmaşık mühendislik problemlerinin analizi ve çözümüne yönelik, tahmin ve modelleme de dahil olmak üzere, modern mühendislik ve bilişim araçlarını, sınırlamalarının da farkında olarak seçme ve kullanma becerisi.
- P10 Karmaşık mühendislik problemlerinin incelenmesi için literatür araştırması yapma ve araştırma yöntemlerini kullanma becerisi.
- P11 Karmaşık mühendislik problemlerinin incelenmesi için deney tasarlama becerisi.
- P12 Karmaşık mühendislik problemlerinin incelenmesi için, deney yapma, veri toplama, sonuçları analiz etme ve yorumlama becerisi.
- P13 Mühendislik uygulamalarının BM Sürdürülebilir Kalkınma amaçları kapsamında, topluma, sağlık ve güvenliğe, ekonomiye, sürdürülebilirlik ve çevreye etkileri hakkında bilgi.
- P14 Mühendislik uygulamalarının BM Sürdürülebilir Kalkınma amaçları kapsamında, mühendislik çözümlerinin hukuksal sonuçları konusunda farkındalık.
- P15 Mühendislik meslek ilkelerine uygun davranma, etik sorumluluk hakkında bilgi.
- P16 Hiçbir konuda ayrımcılık yapmadan, tarafsız davranma ve çeşitliliği kapsayıcı olma konularında farkındalık.
- P17 Bireysel olarak etkin biçimde çalışabilme becerisi.
- P18 Disiplin içi takımlarda (yüz yüze, uzaktan veya karma) takım üyesi veya lideri olarak etkin biçimde çalışabilme becerisi.
- P19 Çok disiplinli takımlarda (yüz yüze, uzaktan veya karma) takım üyesi veya lideri olarak etkin biçimde çalışabilme becerisi.
- P20 Hedef kitlenin çeşitli farklılıklarını (eğitim, dil, meslek gibi) dikkate alarak, teknik konularda sözlü etkin iletişim kurma becerisi.
- P21 Hedef kitlenin çeşitli farklılıklarını (eğitim, dil, meslek gibi) dikkate alarak, teknik konularda yazılı etkin iletişim kurma becerisi.
- P22 Proje yönetimi ve ekonomik yapılabilirlik (fizibilite) analizi gibi iş hayatındaki uygulamalar hakkında bilgi.
- P23 Girişimcilik ve yenilikçilik hakkında farkındalık.
- P24 Bağımsız ve sürekli öğrenebilme.
- P25 Yeni ve gelişmekte olan teknolojilere uyum sağlayabilme becerisi.
- P26 Teknolojik değişimlerle ilgili sorgulayıcı düşünebilmeyi kapsayan yaşam boyu öğrenme becerisi.
Pç-Dç Matrisi
| ÖÇ | P01 | P02 | P03 | P04 | P05 | P06 | P07 | P08 | P09 | P10 | P11 | P12 | P13 | P14 | P15 | P16 | P17 | P18 | P19 | P20 | P21 | P22 | P23 | P24 | P25 | P26 | Ortalama |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| L01 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| L02 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| L03 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| L04 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |