BİYOİNFORMATİK
- Ders
- BIOE305 - BİYOİNFORMATİK
- Bölüm
- Biyomühendislik - İngilizce - Lisans
- Ders Tipi
- Ders
- Durum
- Zorunlu
- Dil
- İngilizce
- Kredi
- 3
- AKTS
- 5
- T+P+L
- 3 + 0 + 0
- Ders Koordinatörleri
- Yrd. Doç. Dr. Nurten AŞİNA AMCA
- Ön Koşul
- Anahtar Sözcükler
Ders Açıklaması
Bu ders öğrencilere biyoinformatik konseptlerini, prensiplerini ve tekniklerini tanıtacaktır. Genom ve protein bilgi arşivlerine nasıl erişileceğini, bu arşivlerle birlikte çalışmak için geliştirilmiş araçları ve bu bilgi ve araçların hangi sorulara cevap verebileceği ele alınacaktır. Ders süresince insan genom projesi ve tarihsel gelişimi, biyoinformatiğin tıptaki önemi ve rolü, yaşamın spatial ve temporal özellikleri, merkezi ve periferal dogmalar, bilgi arşivi özellikleri ve çeşitleri, World wide web, elektronik yayınlar, bilgisayar ve bilgisayar bilimi, bilgisayar programlama, biyolojik sınıflandırma ve nomenklatür, filogenetik ilişki araştırılmasında kullanılan teknikler ve araçlar, protein yapısı, protein yapı tahmini ve belirlenmesi yöntemleri, kliniksel implikasyonlar ve 3D protein yapı görüntüleme araçları ele alınacaktır.
BİYOİNFORMATİK
Değerlendirme Araçları (Aktif Dönem)
| Öğe | Tür | Ağırlık (%) |
|---|---|---|
| Midterm | Ara Sınav | 35 |
| Final | Final | 45 |
| Assignment | Ödev | 20 |
| Toplam | 100 | |
Ders çıktıları
- 01 Identify the biological classification and nomenclature.
- 02 Describe protein structure .
- 03 Explain the observables and data archives
- 04 Explain database requirements
- 05 List the clinical implications.
- 06 Explain how cells read the genome from DNA to protein.
- 07 Summarize World Wide Web
- 08 Summarize use of sequences to determine phylogenetic relationships .
- 09 Elaborate on computers and computer science
- 10 Elaborate on importance of bioinformatics.
Ders Müfredatı
| Hafta | Konu |
|---|---|
| Hafta 1 | Introduction to course organisation. |
| Hafta 2 | Observables and data archives |
| Hafta 3 | Observables and data archives |
| Hafta 4 | The World Wide Web |
| Hafta 5 | The World Wide Web |
| Hafta 6 | Computers and computer science |
| Hafta 7 | Review |
| Hafta 8 | MID-TERM EXAMINATIONS |
| Hafta 9 | Computers and computer science |
| Hafta 10 | Biological classification and nomenclature. Use of sequences to determine phylogenetic relationships |
| Hafta 11 | Use of sequences to determine phylogenetic relationships |
| Hafta 12 | Introduction to protein structure |
| Hafta 13 | Protein structure prediction and engineering, Clinical implications, Genomics and proteomics |
| Hafta 14 | Review |
| Hafta 15 | Final Exams. |
Referans Kitaplar & Ders Materyalleri
- 01 Arthur Lesk. Introduction to Bioinformatics. Oxford University Publications, 2014.
Ders Çıktıları
- L01 Biyoinformatiği tanımlamak ve açıklamak. SOLO 2.5
- L02 Biyoinformatikte kullanılan veri tabanlarını ve araçları listelemek. SOLO 3
- L03 Bilginin çalışma alanına nasıl uygulanacağını pratik olarak çözmek ve yorumlamak. SOLO 3.33
- L04 Bilgiyi uygulamak ve alandaki problemlerin nasıl çözüleceğini sorgulamak. SOLO 5
Program Çıktıları
- Matematik, fen bilimleri ve ilgili mühendislik disiplinine özgü konularda yeterli bilgi birikimi; bu alanlardaki kuramsal ve uygulamalı bilgileri, karmaşık mühendislik problemlerinde kullanabilme becerisi.
- Karmaşık mühendislik problemlerini saptama, tanımlama, formüle etme ve çözme becerisi; bu amaçla uygun analiz ve modelleme yöntemlerini seçme ve uygulama becerisi.
- Karmaşık bir sistemi, süreci, cihazı veya ürünü gerçekçi kısıtlar ve koşullar altında, belirli gereksinimleri karşılayacak şekilde tasarlama becerisi; bu amaçla modern tasarım yöntemlerini uygulama becerisi.
- Mühendislik uygulamalarında karşılaşılan karmaşık problemlerin analizi ve çözümü için gerekli olan modern teknik ve araçları geliştirme, seçme ve kullanma becerisi; bilişim teknolojilerini etkin bir şekilde kullanma becerisi.
- Karmaşık mühendislik problemlerinin veya disipline özgü araştırma konularının incelenmesi için deney tasarlama, deney yapma, veri toplama, sonuçları analiz etme ve yorumlama becerisi.
- Disiplin içi ve çok disiplinli takımlarda etkin biçimde çalışabilme becerisi; bireysel çalışma becerisi.
- Türkçe sözlü ve yazılı etkin iletişim kurma becerisi; en az bir yabancı dil bilgisi; etkin rapor yazma ve yazılı raporları anlama, tasarım ve üretim raporları hazırlayabilme, etkin sunum yapabilme, açık ve anlaşılır talimat verme ve alma becerisi.
- Yaşam boyu öğrenmenin gerekliliği bilinci; bilgiye erişebilme, bilim ve teknolojideki gelişmeleri izleme ve kendini sürekli yenileme becerisi.
- Etik ilkelerine uygun davranma, mesleki ve etik sorumluluk bilinci; mühendislik uygulamalarında kullanılan standartlar hakkında bilgi.
- Proje yönetimi, risk yönetimi ve değişiklik yönetimi gibi , iş hayatındaki uygulamalar hakkında bilgi; girişimcilik, yenilikçilik hakkında farkındalık; sürdürülebilir kalkınma hakkında bilgi.
- Mühendislik uygulamalarının evrensel ve toplumsal boyutlarda sağlık, çevre ve güvenlik üzerindeki etkileri ve çağın mühendislik alanına yansıyan sorunları hakkında bilgi; mühendislik çözümlerinin hukuksal sonuçları konusunda farkındalık.
Pç-Dç Matrisi
| ÖÇ | Ortalama | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| L01 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| L02 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| L03 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| L04 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |